不動産売却時の節税方法を徹底解説！知らないと損する特例・控除まとめ

不動産の売却では、売却価格だけでなく「どれだけ節税できるか」で最終的に手元に残る金額が大きく変わります。

しかし、特例や控除の仕組みは複雑で、知らないまま進めると本来払う必要のない税金を負担してしまうことも少なくありません。

この記事では、不動産売却で押さえておきたい節税の基本から、利益・損失別の特例まで分かりやすく解説します。

不動産売却の節税は「3つの仕組み」の理解から始まる

不動産売却で節税を成功させるためには、まず「税金がどのように計算されているか」を正しく理解することが大切です。

特にポイントとなるのは譲渡所得の仕組み・経費計上・所有期間による税率の違いの3つです。ここでは、節税のベースとなる3つの仕組みを専門家の視点でわかりやすく解説します。

税金が決まる「譲渡所得」の計算式

不動産の売却の税金は、所得税・住民税の「分離課税」として扱われ、以下の計算式で求められます。

譲渡所得 ＝ 売却価格 −（取得費 ＋ 譲渡費用）

• 取得費：購入時の価格、仲介手数料、リフォーム代、登記費用など
• 譲渡費用：売却時の仲介手数料、測量費、荷物撤去費、解体費用など

「売却して現金が残った金額＝課税される利益」ではありません。

実際には、購入時の費用や売却のためにかかった費用を差し引いた“純粋な利益”に対して税金がかかります。初心者はここを誤解しやすいため、まずはこの計算式の理解をしておきましょう。

節税のカギは「経費」の計上漏れを防ぐこと

不動産売却の節税で最も重要なのは、経費の計上漏れを防ぐことです。どの費用が経費になるかを正しく把握し、漏れなく申告するだけで税負担を抑えられます。

【リフォーム代・仲介手数料も経費になる】

• 壁紙の張り替え
• 水回りリフォーム
• 屋根・外壁メンテナンス
• 購入時・売却時の仲介手数料

これらはすべて「取得費」「譲渡費用」として経費にできます。特にリフォーム費用は見落とされやすく、内容によっては総額が100万〜300万円規模になることも少なくありません。領収書が残っているか、早めに確認しておくことが重要です。

【購入時の契約書がない場合の対処法】

購入から長い年月が経つと「契約書や領収書がどこにいったか分からない」という相談が非常に多くなります。その場合は、以下の方法で取得費を推定することができます。

• 国税庁の「概算取得費（売却価格の5％）」を利用
• 当時の資料を不動産会社から再発行してもらう
• 金融機関のローン契約書から購入金額を確認

ただし概算取得費は実額より低くなることがほとんどで、税額が高くなる傾向があります。可能な限り手元の資料を集め、実額で計算することを推奨します。

所有期間「5年・10年」で税率は大きく変わる

不動産売却の税率は所有期間によって大きく変わります。

• 5年以下（短期譲渡）：税率 39.63％
• 5年超（長期譲渡）：税率 20.315％

同じ価格で売却しても、所有期間で税額は数十万円〜数百万円変わることもあります。売却時期を検討する際は、この税率区分を必ず確認しておきましょう。

確定申告について詳しく知りたい方は、「新宿区で不動産を売却したら確定申告が必要？申告の流れと必要書類を解説」もご覧ください。

【利益が出た場合】税金を最大ゼロにする特例3選

不動産売却で利益が出た場合には、税負担を抑えるための制度がいくつか存在します。

特に自宅の売却では、控除や軽減措置によって実際の納税額が大幅に小さくなるケースもあります。

ここでは、売却益が出たときに確認すべき代表的な3つの特例を分かりやすく紹介します。

① 最も節税効果が高い「3,000万円特別控除」

自宅（居住用財産）を売却した場合に使える特例で、節税効果が非常に大きい制度です。

譲渡所得から 最大3,000万円を控除できるため、多くのケースで課税額がゼロになります。

【簡単な例】

⚫︎売却益が2,800万円 → 3,000万円控除で「課税所得0円」

⚫︎売却益が4,000万円 → 3,000万円控除で「1,000万円にのみ課税」

期限は「住まなくなってから3年目の年末」

3,000万円控除を使うためには、住まなくなってから3年目の12月31日までに売ることが重要です。

例：

2023年に転居 → 2026年12月31日までに売却すればOK

この期限を過ぎると適用できなくなるため、売るタイミングを決める際は最優先で確認しましょう。

ペアローンなら夫婦で「最大6,000万円」まで控除可能

夫婦でペアローンを組んでいる場合、それぞれに3,000万円控除が適用されるケースがあります。

例）

• 夫3,000万円
• 妻3,000万円

合計で 最大6,000万円の控除が可能です。

ただし、持分の割合や実際の居住実態など、税務署の確認が入るポイントがあるため、事前に税理士へ相談しておくと安心です。

② 所有10年超で税率が下がる「軽減税率の特例」

自宅を10年以上所有していた場合に使える制度で、長期譲渡の税率よりさらに低い税率が適用されます。

【税率の違い】

⚫︎通常の長期譲渡（5年超）：20.315％

⚫︎軽減税率（※条件を満たす部分のみ適用）：14.21％

通常より低い税率になるため、大きな節税効果があります。

③ 税金を将来に先送りできる「買い換え特例」

自宅を売却して新しい住まいに買い替える場合に使える制度です。

この特例は、税金を“ゼロにする”のではなく“将来に繰り延べる”制度で、以下のような人に向いています。

• 売却益が大きく、3,000万円控除だけでは税金が発生してしまう
• 今はできるだけ手元の資金を減らしたくない
• 不動産を売って別の資産に組み替えたい

この特例が適用されると、売却益に対する税金の支払いを将来に先送りでき、その分の資金を新しい不動産の取得に回せます。

「3,000万円控除」とどちらが得か比較する

買い換え特例と3,000万円控除は併用不可のため、どちらが得かを必ず事前に比較します。

【比較ポイント】

• 目先の税金をゼロにしたい → 3,000万円控除
• 買い替えを予定しており、資金を減らしたくない → 買い換え特例
• 売却益が大きい（5,000万〜1億円以上） → 買い換え特例が有利なケースも

税額の試算には専門知識が必要なため、不動産会社と税理士双方に相談しながら判断するのが確実です。

【損失が出た場合】給与や事業所得と相殺できるのは“マイホーム売却のみ”事業所得から控除できる「損益通算」

不動産売却で損失が出た場合でも、一般の不動産（投資用・土地・空き家など）では給与所得と損益通算はできません。

ただし 「居住用財産（マイホーム）」の売却で、住宅ローン残高が売却額を上回る場合は、特例により給与所得や事業所得と相殺できます（損益通算）。

この特例は会社員でも利用可能で、損失が大きい場合は節税効果が高まります。

最大4年間適用できる「居住用財産の譲渡損失の繰越控除」

マイホームを売却して損失が出た場合、一定条件を満たせば、その年だけで控除しきれない損失を最長3年間繰り越し控除できます。

【仕組みのポイント】

⚫︎対象は「居住用財産」＋「住宅ローン残高がある場合」に限定

⚫︎給与所得・事業所得などと損益通算できる

⚫︎控除しきれない分は翌年以降へ繰越（最大3年）

⚫︎確定申告が必須

【例】

⚫︎売却損 800万円

→その年で控除しきれない

→翌年から最大3年間控除可能

→所得税・住民税が減り節税に

ローン残高がある場合に使える「住み替え時の損失特例」

自宅を売却し、新居へ住み替える際にローン残高が売却価格より多い場合、以下の条件で「買換えに伴う譲渡損失の特例」が利用できます。

【適用ケース】

⚫︎売却額＜住宅ローン残高

⚫︎自宅として一定期間住んでいた

⚫︎新居を取得する

【注意点】

⚫︎年末ローン残高証明書が必須

⚫︎新居の床面積要件など細かい条件あり

⚫︎確定申告の書類が多いので早めの準備が必要

不動産売却時の節税に関するよくある質問

不動産売却の節税について、特に相談が多い3つの疑問を分かりやすく解説します。

相続した空き家の売却で「3,000万円控除」は使える？

結論として、一定の条件を満たせば「相続空き家の3,000万円特別控除」が利用できます。

通常の3,000万円控除（自宅売却の控除）とは別の制度で、相続後に空き家となった家を売却した際に適用できます。

【主な条件】

• 1981年5月31日以前に建築された旧耐震基準の家である
• 相続開始後、誰も住んでいない状態（空き家）になっている
• 耐震リフォームを行うか、建物を取り壊して土地として売却する
• 売却額が1億円以下である
• 相続から3年以内の年末までに売却する

【注意点】

• 相続人が複数いる場合は、持分ごとに適用可
• 家を賃貸に出した場合は対象外になる
• 相続開始前に親が施設入居していた場合は特例適用の可否が分かれるため要確認

申告には専門知識が必要なため、この特例を使う可能性がある場合は早めに税理士へ相談することを推奨します。

親子・親族への売却でも特例は使える？

結論、多くの節税特例は親族への売却では使えません。

具体的には、以下の制度は原則として「親族間売買」が禁止されています。

【親族への売却で使えない主な特例】

• 3,000万円控除（自宅）
• 軽減税率の特例
• 買い換え特例
• 譲渡損失の損益通算・繰越控除
• 相続空き家の3,000万円控除

親族間売買は「価格操作による過度な節税」を防ぐため、厳しく制限されていることが理由です。

ただし、親族から適正価格で購入した場合は取得側の税金（登録免許税・不動産取得税）は通常どおりとなり、共有持分の整理など相続人同士での取引は別の規定が適用されることもあります。ケースによって扱いが異なる点には注意が必要です。

売却益が出た年は「ふるさと納税」の上限が上がる？

はい、不動産の売却で利益（譲渡所得）が出た年は、ふるさと納税の上限額が上がるケースがあります。

ふるさと納税の上限は「課税所得」によって決まるため、売却益によって課税所得が増えれば上限額が増加します。

【注意点】

• 売却益により住民税の所得割額が上がる → 上限枠も増える
• 3,000万円控除などの特例を使うと「課税所得が減る」ため上限は増えない
• 売却のタイミングとふるさと納税の締め切り（12月末）に注意

売却を年末に予定している場合は、事前に住民税の試算を行うと、ふるさと納税の最適額を計算しやすくなります。

まとめ｜不動産売却の節税は制度理解と早めの準備が重要

不動産売却の税金は、売り方や必要書類の準備次第で「控除が使えるかどうか」や「税額が増減するか」が変わります。

特例の要件の確認や経費の整理を早めに進めることで、本来受けられる控除を確実に適用でき、無駄な税負担を防げます。

新宿不動産売却サポートでは、新宿区を拠点に、不動産売却時の税金や節税に関する最適なアドバイスをしています。税理士・司法書士など専門家とも連携し、査定・売却・確定申告までワンストップでサポートが可能です。

新宿区で不動産売却をお考えの方は、ぜひ一度ご相談ください。