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新宿区のマンション売却にかかる税金と特例制度｜節税のポイントも解説

2025.09.25

新宿区でマンションを売却する際に見落とせないのが税金です。譲渡所得税や印紙税といった代表的な税金を理解し、3,000万円控除などの特例制度を上手に活用すれば、売却後に手元に残る資金を大きく増やせます。この記事では、新宿区のマンション売却でかかる主な税金と節税につながる特例制度についてわかりやすく解説します。

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新宿区のマンション売却でかかる主な税金

新宿区でマンションを売るとき、売却価格だけでなく税金の負担にも注意が必要です。ここでは、新宿区のマンション売却において代表的に発生する税金の種類を整理し、それぞれの特徴をわかりやすく解説します。

譲渡所得税（所得税・住民税）

マンションを売却して利益（譲渡所得）が出た場合、その利益に対して所得税と住民税が課税されます。課税額は所有期間によって変わり、5年以内の短期譲渡は税率が高く、5年超の長期譲渡は税率が低くなります。

印紙税（売買契約書に必要）

マンションの売買契約書を交わす際には、契約金額に応じて印紙税を納める必要があります。例えば3,000万円を超え5,000万円以下の契約では、印紙代は2万円となります。

金額区分や税額は国税庁が公表している印紙税額一覧表によって定められております。

参照：No.7140 印紙税額の一覧表（その1）第1号文書から第4号文書まで

登録免許税・抵当権抹消登記

不動産の登記を行う際には、国に納める「登録免許税」が発生します。税額は登記の種類によって異なり、たとえば売買による所有権移転登記では「固定資産税評価額×所定の税率」で計算されます。

一方、マンションの売却に伴い住宅ローンを完済した場合には、金融機関の抵当権を外すために「抵当権抹消登記」を行います。このときの登録免許税は、不動産1件につき1,000円と定められています。

参照：No.7191 登録免許税の税額表

消費税（仲介手数料など一部に発生）

売却価格そのものには消費税はかかりませんが、取引に付随するサービスには消費税が課されます。代表的なものが仲介手数料や司法書士報酬です。特に新宿区のマンションは高額取引になりやすいため、仲介手数料にかかる消費税だけでも数十万円規模になるケースがあります。

譲渡所得税の計算方法と税率

新宿区でマンションを売却した際、利益（譲渡所得）が出ると課税されるのが譲渡所得税です。この税金は「所得税」と「住民税」を合算したもので、マンションを所有していた期間の長さによって適用される税率が変わります。ここでは、譲渡所得の計算式や税率、さらに新宿区のマンション売却に当てはめたシミュレーションを解説します。

譲渡所得の計算式（売却価格－取得費－譲渡費用）

譲渡所得は次の計算式で求められます。

譲渡所得＝ ①売却価格－（②取得費＋③譲渡費用）

①売却価格：マンションを売った金額

②取得費：購入時の価格や購入にかかった諸費用（登記費用、仲介手数料など）

③譲渡費用：売却時にかかった費用（仲介手数料、測量費、司法書士報酬など）

例えば、5,000万円で購入したマンションを6,000万円で売却し、取得費と譲渡費用の合計が200万円だった場合、

6,000万円－（5,000万円＋ 200万円）＝ 800万円

この800万円が譲渡所得となり、課税の対象になります。

短期譲渡と長期譲渡で異なる税率

譲渡所得税の税率は、マンションの所有期間によって変動します。

所有期間は「売却した年の1月1日時点で5年を超えているかどうか」で判定されます。

区分	所有期間	所得税率	住民税率	合計税率
短期譲渡	5年以下	30%	9%	39%
長期譲渡	5年超	15%	5%	20%

新宿区のマンション売却時の税金シミュレーション

新宿区で譲渡所得1,000万円が出たケースを想定してみましょう。

短期譲渡（5年以下）

1,000万円 × 39% ＝ 390万円

長期譲渡（5年超）

1,000万円 × 20% ＝ 200万円

このように、所有期間の違いだけで税負担に 190万円もの差が生じることになります。

参照：土地や建物を売ったとき

新宿区でマンションを売却する際、条件を満たせば税負担を大きく軽減できる特例制度が利用できます。正しく活用すれば数百万円単位で節税できる可能性があります。本章では、売却前にぜひ知っておきたい代表的な4つの特例制度をわかりやすく解説します。

新宿区のマンション売却で利用できる税金の特例制度

居住用財産の3,000万円特別控除

マイホームを売却した場合、一定の条件を満たすと譲渡所得から最大3,000万円を控除できます。

【適用条件の例】

自分が実際に住んでいた家であること
売却の前年や前々年に同じ控除、またはマイホームの譲渡損失についての損益通算、繰越控除の特例の適用を受けていないこと
親子や夫婦など特殊関係者への売却ではないこと

参照：No.3302 マイホームを売ったときの特例

所有期間10年以上の軽減税率の特例

売却するマンションを10年以上所有・居住していた場合、通常の長期譲渡（20%）よりも低い税率が適用されます。

所得金額	所得税率	住民税率	合計税率
6,000万円以下の部分	10%	4%	14%
6,000万円超の部分	15%	5%	20%

特定居住用財産の買換え特例

マンションを売却して新しいマイホームを購入する場合、一定の要件を満たせば課税を将来に繰り延べることができる制度です。

【主な適用要件】

売却する家屋・敷地は、売却年の1月1日時点で所有期間が10年以上であること。
売主自身が居住していた家屋、あるいは以前住んでいた家屋で、特定の期限内に売却するもの。
売買契約を売った年の前年から翌年までの3年以内に行うこと。

この特例はすぐに税金を払わずに済むため、資金繰りをスムーズにできるメリットがあります。ただし将来その新居を売却すると課税されるため、長期的な資産計画を考える必要があります。

参照：No.3355 特定のマイホームを買い換えたときの特例

相続したマンションの売却で使える特例

相続で取得したマンションを売却する場合には、被相続人居住用財産の3,000万円特別控除が使えるケースがあります。

【適用条件の一例】

相続開始の直前に被相続人が居住していた家であること
相続後に空き家を一定期間内に売却すること
一定の耐震基準を満たしていること

参照：No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例

新宿区でマンション売却時に知っておきたい節税ポイント

マンションの売却では、単に税金を支払うだけでなく、工夫次第で税負担を減らす方法があります。ここでは、実際の取引でよく使われる節税のポイントを3つに絞って解説します。

売却費用を経費に計上して節税する方法

譲渡所得を計算する際には、売却時に発生した費用を「譲渡費用」として経費に計上できます。例えば以下のような費用です。

仲介手数料
司法書士報酬
測量費
解体費用（古家付き土地の場合など）

これらを正しく計上することで、譲渡所得を減らし、結果的に課税額を下げられます。領収書や請求書を必ず保管しておくことが大切です。

損益通算を活用して税負担を軽減する

マンション売却で損失が出た場合は、その損失を他の所得（給与所得や事業所得など）と相殺できる「損益通算」が使えます。さらに控除しきれない場合は、最長3年間の繰越控除が可能です。

【具体例】

新宿区でマンションを売却して300万円の損失が出た場合、同年の給与所得500万円と相殺でき、課税対象は200万円に減少します。損失が出ても「無駄」にはならず、他の収入の税負担を軽くできるため、必ず確定申告で手続きを行うことが重要です。

新宿区の税務に詳しい専門家へ相談する

税金の特例はメリットが大きい一方で、適用条件が複雑で申告方法を誤ると適用が認められない可能性があります。特に新宿区のように取引額が高額になりやすい地域では、その影響が数百万円単位に及ぶケースも少なくありません。こうしたリスクを避けるためには、不動産や税務に精通した専門家へ相談することが重要です。税理士や地元の不動産会社と連携することで、制度を正しく活用でき、余計な税負担を防ぐことができます。自己判断に頼らず、早めにプロに確認しましょう。